In de rechtszaak die Take-Two Interactive heeft aangespannen tegen Apogee, het moederbedrijf van 3D Realms, eist de uitgever dat de ontwikkelaar de broncode en de grafische bestanden van Duke Nukem Forever aan Take-Two overdraagt. De uitgever wil dat de rechter direct beslag legt op de bronbestanden van Duke Nukem Forever, om te voorkomen dat er materiaal verdwijnt voor of tijdens de behandeling van de rechtszaak.
In deze zaak eist Take-Two een schadevergoeding van Apogee, omdat de uitgever twaalf miljoen dollar zou hebben geïnvesteerd in Duke Nukem Forever. Beide partijen sloten in 2001 een contract dat Take-Two het recht gaf om Duke Nukem Forever op de markt te brengen. Take-Two betaalde het geld aan uitgever Infogrames, die tot dan toe het recht had om DNF uit te geven. Scott Miller en George Broussard, beiden oprichter en directeur van Apogee, hebben al laten weten geen cent van Take-Two te hebben ontvangen; ze voelen zich dus niet verplicht om iets terug te betalen.
Miller weersprak bovendien het gerucht dat Apogee een bod van dertig miljoen dollar op de naam Duke Nukem zou hebben afgeslagen. Het bod zou door Take-Two Interactive zijn uitgebracht, maar ook andere uitgevers zouden in de race zijn voor de rechten op de naam. Volgens Miller heeft zijn bedrijf geen bod van dertig miljoen ontvangen en zou een dergelijk bod direct zijn aangenomen als de ontwikkelaar daarmee het spel af had kunnen maken.
